这本书是进化论的通俗科普，但是其中的各方角逐，假设、论证、反驳、预测、实验、推倒、再假设，可以认为是将科学之路的曲折演变过程展现得淋漓尽致。
借用一句话：生命和生命法则隐藏在黑暗中，上帝说，让达尔文去吧，于是，一切豁然开朗；撒旦说，别急，让他们都上，于是，一切又复归混沌。
由于进化论听起来易于理解，同时也易于反驳，男女老少都可以发表自己的见解，这些见解大多毫无意义，却能诱使更多的人对进化论展开思考。
这段话与进化论没有直接的联系，但是给运营狗们提供了一个非常生动的炒作案例。
《自然史》出版后不久，法国大革命爆发，很多知识分子被从肉体上消灭了，布丰就是其中之一。他对进化论的思考也戛然而止。
笛卡尔：我思故我在。“我在”是“我思”的必要条件~
核心思路：只要把上帝换成自然的力量，一切都名正言顺了。
拉马克：打出了哑弹
简而言之，拉马克的观点就是“用进废退”：生物会对环境做出反应，随着环境的持续影响，生物习性也会随之改变，并且这种改变会遗传下去，这就是获得性遗传。
拉马克根据自己的理论，强烈反对物种概念。他认为物种只是人为制造的假象，事实上在自然界中并不存在物种。根据用进废退理论，所有的生物都处于连续的变化之中。物种之所以看上去独自成形，与其他物种有着明显的区别，是因为没有收集到足够的标本来填补物种与物种之间的链条。在世界的某一个角落里，必定存在着介于两个物种之间的模棱两可的动物。当所有物种收集齐备以后，就可以看出生物界是由一连串过渡形态的生物组成的进化链条。
拉马克扣动了科学对战宗教的扳机，但并没有打响。枪是好枪，却打出了哑弹。
达尔文：扣动扳机
达尔文认为，凡是对动物的“意志”有所依赖，就必然会滑向“神的意志”的深渊，最后与科学分道扬镳。
达尔文理论的真正价值，并不在于进化，而在于自然选择，也就是为生物进化找到了自然的动力，而不是超自然的动力。
《物种起源》的最为可贵之处，就在于坚定强调自然选择的力量。围绕两个主题展开：第一个主题是，物种不断变化，缓慢地适应环境，且变化可以遗传；第二个主题是，自然对物种做出选择，适者生存。
适者生存的误区
事实上生物的演变确实给地球带来了多样化的可能性。随着时间的推移，生物可能退化，也可能更复杂，但地球生物多样性的总量与复杂度呈现不断增加的趋势，这是生态系统的内在需求，也是“进化”所要表达的深刻内涵，而“演化”这个词根本无法看到生态学上的意义。所以“进化”要比“演化”更贴近达尔文的原意，也更符合进化论发展的认知。
19世纪末，严复为中国引进了赫胥黎和斯宾塞的生物进化论与社会进化论思想。他腰斩了赫胥黎的《进化论与伦理学》而成《天演论》，并在翻译过程中加进了许多自己的看法，再取一点儿其他学者的观点，合成了一本中国人能看懂的社会达尔文主义著作。
华莱士
华莱士比达尔文晚出生十四年，在《物种起源》的最先几次出版中，达尔文经常提起华莱士的贡献，并称进化论是他和华莱士共同的孩子。但越到后来，他在再版时提起华莱士的次数就越少。华莱士的名字终于和古生物学化石一样，成了人们谈论自然选择时偶尔提及的往事。
华莱士本来是达尔文最重要的支持者，后来却成了达尔文难以解决的对手，最终蜕变成彻底的自然神学家。达尔文无法说服华莱士，事实上他自己也搞不清楚，人类为什么要拥有如此离奇的大脑。
华莱士：如果我们难以理解某些生物性状的适应性意义，是因为我们的知识还无法认识到这一点。
魏斯曼
魏斯曼做了个错误的实验，却得到了一个正确的结论，那就是“获得性”并不能遗传。
其实还有一个更有力的证据，那就是处女膜一代一代被顶破，但女人们仍然保留着那一层小小的膜。在这件事上，并没有什么遗传发生。而且，还有一个更严重的问题，衰老算不算是获得性呢？如果是，岂不是小孩一生下来就成了小老头了？
反对的声音
比较有力的反对来自电磁理论的奠基人麦克斯韦和现代物理学的开山鼻祖汤姆逊。
面对汤姆逊的计算结果，达尔文唯一能做的，就是派出一个儿子专门分析汤姆逊的计算过程，希望能找出其中的计算错误。毕竟达尔文的儿子很多，他们各自都接受了不同的任务。
团结就是力量
波普尔最初批评了进化论，但是后来又进行了反思。可惜波普尔第一次评价的声音传得太远，而第二次评价被反进化论者有意忽略。现在仍有反对者把同义反复当作反对达尔文理论的一把利剑，殊不知这一武器早已报废。
论舆论的力量。
也有一批宗教人士站出来支持达尔文，不过他们采取的是和稀泥的手法。特别是在美国，他们认为进化论与上帝并不冲突，正是上帝创造了能够自我发展的原始生命形式，甚至进化的策略也出自上帝之手。如此一来，进化就成了第二因，与上帝互不侵犯，而且让上帝轻松了许多，他不必一个一个费心费神地去制造万种生灵，只需要制定一个生物发生和进化的原则就行了，可能有的时候还会插手修改一下进化错误，比如搞死一大批恐龙之类的小事，最终才有可能让人类登上生命舞台。
赫胥黎：“我们的生命太短暂了，不应该浪费时间将已经杀掉的人再杀一遍。”
生物爆发与生物灭绝
古尔德指出，“间断平衡”理论有两个重要的支撑点：首先，化石表明，物种呈现明显的稳定性，在地质记录中出现和消失时的外形几乎相同，没有出现达尔文说的持续变化。其次，也是极其重要的一点，新物种的出现是突然事件，而且一旦出现，就已经相当完备，根本不需要进一步修改。而这一事实又与达尔文的逐渐变化理论有所抵触。达尔文要求的连续的化石链条并没有如期出现，过渡生物迟迟不愿露面。为此，古尔德表示，要正确解释现有的化石现象，就必须抛弃“渐变论”。但他也反复告诉大家，这样做绝不表明自己打算彻底否定达尔文，而只是对达尔文的某些观点做出小小的修改。
难以解释的不是灭绝，而是大灭绝。
此前的观点倾向于恐龙的灭绝给体型较小的哺乳动物留出了生存的空间。现在则认为，是哺乳动物的进化导致了恐龙的灭绝，以前是因，现在是果。
实验的问题。
已有学者一针见血地指出：所有定向突变都是假象，因为研究者只盯着相关基因，而忽略了其他基因，他们没有对比其他基因位点的碱基删除与修复概率，却以为这种工作只发生在某个特定位点，是因为太想看到某个结果，所以只看到了某个结果，而没有看到其他结果。也就是说，研究人员太想看到乳糖酶中间的那个碱基被删除，结果他们真的看到了这个结果，而对其他位点的碱基被删除的事实视而不见。这是典型的一叶障目，不见泰山。
简单地把基因突变列入“好”或“坏”的方法没有认识到基因之间存在着复杂相互作用，比如，单独看起来可能是“好”的基因突变，却可能影响了另一基因的表达，从而出现了“坏”的性状。这种交叉影响非常繁杂，有时根本难以探究其间的真正作用链条。
综合进化论
综合进化论在多门学科发展的基础上，继续保留了达尔文思想的核心，那就是自然选择。我们现在对生物进化论的主体认识都来源于综合进化论，这个理论体系有明确的技术路线图：生物进化的基础是遗传物质的偶尔突变，然后这些突变接受自然的选择。无论是剧烈的还是逐渐的变化，都只不过是基因连续变化的表现而已，是变化的两种极端情况。这些变化的最终生物学基础，都源自基因持续的随机变化，其本质是统一的
选择层次
正说：群体选择就是以群体为单位的自然选择，其核心观点是：自然选择作用的对象不是稀稀落落毫无组织的个体，而是一个个群体。
反说：作为一种科学理论，“群体”的概念是不合格的。这是一个非常模糊的名词，包含的个体可多可少，所占的地盘也可大可小，竞争的范围有时超出了划定的界限
折中说：威廉斯指出，运用物理学原理和自然选择原理可以解释的生物学现象，就不必引用更加复杂的机制加以解释。在道金斯看来，进化的过程既不是群体之间的竞争，也不是个体之间的恩怨，而是基因之间的战斗故事。古尔德后来主动提出了一种折中方案，并且得到了包括威廉斯在内的重要学者的支持。古尔德认为，不应该在个体水平或基因水平上争吵不已，应该接受“分级选择”的概念。
个体如枯木，朽且可去矣；家国亦云烟，闭目两不见。
没有群体，则没有个体；同样的道理，没有个体，也就没有群体。在个体与群体之间，可能确实不存在难以跨越的鸿沟，既然如此，个体与基因之间，难道不是也可以统一起来吗？遗憾的是，目前我们还没看到一个可以将三个层面进行有机统一的进化理论。
还原主义&整体主义
著名物理学家普朗克曾说过，科学本身是一个内部统一的整体，我们把科学分为独立的部分，那并不是自然的本质，而是由于人类的认识能力不够造成的。
还原主义认为，对任何事物的理解，都可以在更低的层次上进行。当把一件事物分解成更小的单位以后，了解各个小单位的性质和其间的相互作用，就可以了解整体的性质。
社会生物学坚持的是正统的还原主义，认为人类的所有行为，包括文学、艺术、哲学、科技等貌似高深的东西，都可以还原到生物学原理中去理解和分析。
整体主义者则倾向于从整体水平上理解事物的本质，因为整体大于部分之和，各个小的部分有机结合在一起形成一个整体时，将会出现新的性质
一些八卦
达尔文娶了个有钱的老婆，这使得达尔文不再需要找工作，年近三十就过上了衣食无忧的贵族生活，可以安闲地阅读、思考、散步、写作，或者什么也不做，只是发呆。而且，宗教裁判所早在 1600 年就已经不再用火刑柱烤人了。
当居维叶和圣提雷尔在巴黎科学院展开论战时，歌德已有八十岁高龄，而且当时法国大革命正如火如荼地进行着，他却在1830年给朋友的信中表示，自己非常关注巴黎科学院论战，并且完全支持圣提雷尔的观点。圣提雷尔得知歌德的态度之后，感动得老泪纵横。在此后的文章中，圣提雷尔一直把歌德与牛顿和布丰等人相提并论。
斯宾塞是一个博学而长寿的学者，胡子很乱，脑袋很光。与达尔文类似，他也继承了一大笔遗产从而保证了衣食无忧的生活，可以广泛阅读并胡思乱想，有什么想法就写下来，就这样成了思想家。
科学的主线
归纳法有两条基本原则：一是研究人员不能有任何先入为主的概念，不应该有着强烈的想要看到某种结果的欲望，甚至都不要去预测可能出现的结果，否则将会干扰结果的正确性；二是不要在资料不充分的时候急着得出一般性的结论。
这里面只有一条主线是正确的：科学总在不断自我完善和提高，在人类的不懈探索下，不断逼近事物的本质。